1.中心——境外
（1）物流中心与境外之间进出的货物，应当在物流中心主管海关办理相关手续。物流中心与口岸不在同一主管海关的，经主管海关批准，可以在口岸海关办理相关手续。
（2）物流中心与境外之间进出的货物，除实行出口被动配额管理和中华人民共和国参加或者缔结的国际条约及国家另有明确规定的以外，不实行进出口配额、许可证件管理。
（3）从境外进入物流中心内的货物，凡属于规定存放范围内的货物予以保税；属于物流中心企业进口自用的办公用品、交通运输工具、生活消费品等，以及物流中心开展综合物流服务所需进口的机器、装卸设备、管理设备等，按照进口货物的有关规定和税收政策办理相关手续。
2.中心——境内
（1）物流中心内货物运往所在关区外，或者跨越关区提取物流中心内货物，可以在物流中心主管海关办理进出中心的报关手续，也可以按照境内监管货物转关运输的方式办理。
（2）企业根据需要经主管海关批准，可以分批进出货物，月度集中报关，但集中报关不得跨年度办理。
（3）物流中心与境内之间的进出货物报关按下列规定办理：
A.物流中心货物出中心进入关境内的其他地区视同进口，按照货物进入境内的实际流向和实际状态办理进口报关手续；属于许可证件管理的商品，企业还应当向海关出具有效的许可证件。
B.货物从境内进入物流中心视同出口，办理出口报关手续。
保税物流主要功能简析
简单的说，保税区有三大功能：
保税仓储：货物在进入保税仓库环节以及存储期间，不征收进口关税,免批文，不受配额限制；
简单加工：货物可以在保税仓库进行包装、分拣、贴唛，换唛、分拆、拼装等流通性加工；
转口贸易：进口货物在保税区存储可经简单加工后，即转手出口到其他目的国和地区；
不同性质企业可利用保税仓功能进行业务扩展、加快资金回流。延伸出来，可以归纳为:
A 保税仓储
从国内、国外货物运至保税仓以保税形式储存起来，免交关税，节约大量税金，增加资金流动性。
B 手册核销
加工贸易型企业可通过出口到保税区，核销手册，实现跨关区转厂、出口转内销等。
C 简单加工
在保税仓的货物可允许进行流通加工贴唛，贴标签，更换包装等。
D 出口拼箱
将大陆各地和国外供应商采购的原材料、半成品、成品等，汇集至保税仓存储，再按销售合同组合成不同的货柜后从香港或盐田港海运至世界各地。
E 进口分拨
从世界各地进口的货物(其中包括国内转至保税仓的货物)可以暂存在保税仓，进行分拣、简单加工、拆拼箱后，根据国内采购商的需求进行批量送货，以减轻收货人的进口税压力及仓储负担。
F 国际转口贸易
充分利用保税区内免领进出口许可证、免征关税和进口环节增值税等优惠政策，利用国内外市场间的地区差、时间差、价格差、汇率差等，在保税仓内实现货物国际转运流通加工贴唛，贴标签，再包装，打膜等，最终再运输到目的国。
G 展示服务
国外大宗商品如设备及原材料等，可存放在保税区仓库，保税存放，并可常年展示。展示结束后可以直接运回原地。避免高昂的关税和繁琐的报关手续。
H 检测维修服务
发往国外货物因品质或包装退运，须返回工厂检测或维修的。可利用保税区功能，直接将货物退至保税仓库，简化报关程序，不用交纳进口税，待维修完毕后，直接复出口。