物流公司企业所得税的计算主要为查账征收方式下的计算，其计算方法为：企业所得税应纳税额=应纳税所得额×适用税率-减免税额-抵免税额。应纳税所得额的计算可分为直接计算法和间接计算法。
直接计算法下应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额=收入总额-不征税收入-免税收入-各项扣除金额-允许弥补的以前年度亏损。
间接计算法下应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额=会计利润总额±纳税调整项目金额。
同时作为企业所得税纳税人的物流公司在申报企业所得税时，可以咨询所属地区的主管税务机关了解是否有可以享受的税收优惠政策。
我国物流企业普遍缴纳的税种一般包括营业税、城市维护建设税、房产税、车船税、土地使用税、印花税、教育费附加以及企业所得税。其中，营业税和企业所得税是物流企业缴纳的主要税种。根据北京物流协会对该市物流企业的初步统计，营业税占企业应缴纳税款总金额的60－70％，企业所得税占到20％左右。物流企业缴纳营业税的主要税目主要包括交通运输业和服务业（代理、仓储、装卸及租赁等），税率分别为3％和5％。现在企业所得税的基本税率为25%。