物流运输系统诸要素的冲突主要表现在目标冲突、边界冲突、能力冲突以及运作冲突等方面。
1．物流运输系统诸要素的目标冲突
在物流运输系统中，不同的构成要素具有不同的功能和目标，这些不同组成要素的目标之间就可能存在着相互冲突的地方；同一要素在实现多种功能时也有着不同的目标，这些不同的目标之间也可能存在着冲突。
(1)各种交通运输方式之间存在着目标冲突。物流运输系统是由铁路、公路、水路、航空和管道五种运输方式构成的综合体系。铁路运输具有快速、准确、安全的优势，但由于铁路运输承运的手续复杂，待运时间较长，很难实现灵活、及时的目标。公路运输机动灵活，能够实现"门到门"运输，但其规模性、安全性程度较低。水路运输是五种交通运输方式中运费较为低廉的，但速度较慢，区域性特征明显，使用范围受到极大限制。航空运输速度快、机动性好，运送货物及时、准确、安全，但其运费昂贵，很难达到低成本的目标。管道运输安全可靠、运输成本低，但其运送的货物具有较大的选择性。
(2)效益目标之间存在着冲突。在组织运输过程中，交通运输部门追求的是以较低的运输成本，在满足用户需求的前提下，尽可能获得较高的经济效益；但作为运输需求者而言，则期望的是以较低的运费获得尽可能理想的服务，要求运输部门必须提高运输质量。而提高运输质量和服务水平，必然意味着需要更大的投入，物流运输系统的成本却难以降低。
(3)交通运输与物流其他功能要素存在着冲突。如为了降低运输成本，提高运输效益，在组织运输时，总是要求遵循规模经济原理，尽量采用整车、整船运输，避免零担运输，因为整车、整船运输的运费比零担运输的运费要低得多，但这样却会提高库存和仓储的水平，要求必须具有相应的装卸能力，其结果增加了库存和装卸成本。物流运输系统目标冲突的潜在根源是"二律背反定律"作用的结果。
2．物流运输系统诸要素的边界冲突
由于物流运输系统是由多家运输部门、多种运输方式组成的复杂系统，各个系统、部门、运输方式之间便存在着客观的行政边界、管理边界和运输覆盖范围边界。各级交通运输管理部门受其管理权限的限制，存在着规定的职责、权限的管理边界。各种运输方式由于受其技术经济性能的限制，各自存在着一个最优的运输半径或运输覆盖范围。由于这些边界的存在，物流运输系统的诸要素便会有条件地与内外部环境发生着联系，这种条件性从某种意义上讲就是一种阻碍，物流运输系统要素的边界冲突便由此产生。特别是在组织综合运输过程中，需要各种运输方式进行及时的转换和联运，但各种运输方式都有其合理的运输边界与范围，超出其边界与范围，就会降低某种运输方式的有效性与适应性。
3．物流运输系统诸要素的能力冲突
组织综合运输，要求各种运输方式在装卸能力、转换能力、通过能力和运输能力等方面要达到协调匹配。但由于各种运输方式存在着技术经济性能方面的差异，必然存在着能力方面的冲突。
(1)各种运输方式能力的冲突。各种运输方式技术经济特征各有优劣，运输能力存在着较大差异，铁路、船舶运输能力较大，汽车、飞机运输能力较小，四种运输方式能力之间难以匹配。
(2)运输方式内部能力的冲突。其包括运输基础设施的等级标准冲突，运输工具装备的技术结构冲突，运输网络中点与线、干线与支线、线路与站场枢纽的冲突，以及运输固定设备与移动设备、运输技术装备与管理现代化之间的冲突等。
(3)运输供给能力与运输需求能力之间的冲突。特别是在季节性运输、"春运"、应急性运输期间，运输需求量骤然增大，运输瞬间强度较高，运输方向性较强，对运输能力提出了极高要求，导致运输供给和运输需求之间冲突较为突出。
4．物流运输系统诸要素的运作冲突
在物流运输系统中，各个组成要素都具有区别于其他要素的特殊结构，因而也就具有各自的运作规律和运作标准。当这些要素之间发生联系时，这些规律和标准就有可能因不适应对方的特点与要求而发生冲突。如集装箱运输是提高运输效率和质量、降低运输成本的有效手段。但公路运输所使用集装箱的重量系列多为5吨、10吨，而海上运输所使用的集装箱的重量系列多为20吨、30吨，当组织公路运输与海上运输多式联运时，就会发生因集装箱的重量系列不同而产生的冲突。另外，各种运输方式、各个运输部门由于在运输规程、作业规范上具有不同的要求，也会导致运输组织过程中的运作冲突。
1、可持续发展理论。在社会文明程度日益提高的今天，经济的发展必须建立在维护地球环境的基础上。当代对资源的开发和利用必须有利于下一代环境的维护以及资源的持续利用，因此，为了实现长期、持续的发展，就必须采取各种措施来维护我们的自然环境，可持续型发展就成为社会经济发展的必然选择。可持续发展理论指既满足当代人的需要，又不对后代人满足其需要的能力构成危害。可持续发展的基本内容包括以下五点：
（1）发展是重点；
（2）发展经济与环保，使之构成一个有机整体；
（3）应建立一个合理有效的经济和政治运行机制；
（4）人们的自身发展需要与资源、环境的发展相适应，人们应放弃传统的生产方式与生活方式；
（5）树立全新的现代文化观念。可持续发展的原则之一，就是使今天的商品生产、流通和消费不至于影响未来商品的生产、流通和消费的环境及资源条件。将这一原则应用于现代物流管理活动中，就是要求从环境保护的角度对现代物流体系进行研究，形成一种与环境共生的综合物流系统，改变原来经济发展与物流之间的单向作用关系，抑制物流对环境造成危害，同时又要形成一种能促进经济和消费生活健康发展的现代物流系统。
这就产生了“环保物流”这一全新的概念。环保物流是可持续发展的一个重要环节，它与绿色制造、绿色消费共同构成了一个节约资源、保护环境的绿色经济循环系统。绿色制造(亦称清洁制造)是制造领域的研究热点，是指以节约资源和减少污染的方式制造绿色产品，是一种生产行为；绿色消费是以消费者为主体的消费行为。绿色物流与绿色制造和绿色消费之间是相互渗透、相互作用的。绿色制造是实现绿色物流和绿色消费的前提，环保物流可以通过流通对生产的反作用来促进绿色制造，通过环保物流管理来满足和促进绿色消费。
2、生态经济学理论。所谓生态经济学是指研究再生产过程中，经济系统与生态系统之间的物流循环、能量转化和价值增殖规律及其应用的科学。生态经济学认为，在现代经济、社会条件下，现代企业是一个由生态系统与经济系统复合组成的生态经济系统。因此，现代企业管理的对象、目标、任务、职能、原则等都具有经济与生态的两重性，必须通过有效地管理来实现其中经济与生态两个方面的有机统一与协调发展。物流是社会再生产过程中的重要一环，物流过程中不仅有物质循环利用、能源转化，而且有价值的转移和价值的实现。因此，物流涉及了经济与生态环境两大系统，理所当然地架起了经济效益与生态环境效益之间彼此联系的桥梁。经济效益涉及局部的更密切相关的利益，而环境效益则关系更宏观和长远的利益。经济效益与环境效益是对立统一的。后者是前者的自然基础和物质源泉，而前者是后者的经济表现形式。目前我国绝大多数物流企业遵循的仍然是一种不完全的经营管理，还没有完全克服企业经济管理与生态环境管理相脱离的缺陷，还没有实现由单纯经济管理向生态经济环保物流管理的根本转变。环保物流以经济学的一般原理为指导，以生态学为基础，对物流中的经济行为、经济关系和规律与生态系统之间的相互关系进行研究，以谋求在生态平衡、经济合理、技术先进条件下的生态与经济的最佳结合以及协调发展。所以，发展现代市场经济，建立现代企业制度，探索一条中国特色的经济与生态相协调的现代企业环保物流管理，是我国物流企业微观生态管理面临的一项紧迫任务。
3、生态伦理学理论。人类所面临的生态危机，迫使人们不得不反思自己的行为，不得不忍受人类对于生态环境的道德责任。这就促使了生态伦理学的产生和发展。生态论理学是关于人对地球上的动物、植物、微生物、生态系统和自然界的其他事物行为的道德态度和行为规范的研究，是从道德角度研究人与自然关系的交叉学科，它根据生态学提示的自然与人相互作用的规律性，以道德为手段，从整体上协调人与自然环境的关系。它的主要特征是，把道德对象的范围从人与人、人与社会关系的领域，扩展到人与生命和自然界关系的领域，主张不仅对人讲道德，而且对生命和自然将道德。生态伦理迫使人们对物流中的环境问题进行深刻反思，从而产生了一种强烈的责任心和义务感。为了子孙后代的切身利益，为了人类更健康和安全地生存与发展，人类应当维护生态平衡。