（一）指导思想
马坊物流基地“十二五”期间战略定位与发展思路是在“十一五”规划、马坊物流基地发展现状的基础上形成的，是“十一五”规划与前期工作、工程的延续、深化、调整和创新。
目前基地一期1.3平方公里已基本完成产业项目布局，“十二五”期间完成二期用地的指标调整，做好建设用地储备，拓展发展空间，全面启动二期用地征地、拆迁、市政基础设施等一级开发工作。
（二）发展定位
马坊物流基地是北京东部发展带的重要物资及商品流通基地，是北京现代物流体系中的关键枢纽，是连结北京与天津港、京唐港等港口的重要内陆口岸，是京津发展走廊上的重要通道和京津冀地区的重要物流节点，同时是京津冀海陆空铁立体多式联运体系的汇合点。
（三）发展方向
围绕“京津商谷”建设，加快推进物流基地、北京平谷国际陆港口岸功能区建设，完善马坊物流基地商品交流展示、综合物流等功能设施，提高发展水平。深化与天津港、唐山港的合作，创新海关、检验检疫部门的作业模式，加快建立港口和基地一体化管理体制，促进贸易便利化。加快电子商务平台建设，打造物联网应用示范基地，全面推进信息化水平。拓展马坊物流基地口岸功能，完善保税仓库、流通加工等相关功能，建设服务于京津冀地区的物流配送体系。
（四）发展进程
基于以上马坊物流基地的战略目标，马坊物流基地从开始建设到实现基地发展目标，必然要经过资源整合和功能完善、核心竞争力形成、成熟和提升等三个阶段。
围绕马坊物流基地建设的基本指导思想，对马坊物流基地战略进程和每个阶段的发展重点进行如下设计：
（1）资源整合和功能完善阶段（2011年--2012年）
积极申请保税物流中心（B型），尽快完善与使用保税物流中心（B型）的各项功能。充分利用马坊物流基地的物流与进出口功能的基础上，构建公共性“商贸平台+物流基地+大配送”的模式；深入研究推动通关模式的创新，积极探索研究建立“两地一检”、“检验互认”、“一体化通关”等更为紧密的通关合作。
（2）核心竞争力形成阶段（2013年--2015年）
在经历了初期资源整合和功能完善阶段后，马坊物流基地以口岸功能为依托，以电子商务为纽带，拓展保税区功能，打造“京津商谷”。加快金融（外汇、离岸金融）、法律服务、运输服务等一体化服务支撑体系的建设。将物流基地建设成为北京东北部地区联系空港和海港的主要流通基地与物流枢纽，打造具有高起点、高标准、高水平的一流国际陆港。
（3）成熟和提升阶段（2016年--2020年）
马坊物流基地是北京市社会化物流服务体系的重要组成部分，马坊物流基地综合物流服务能力的提升将带动整个北京市现代物流产业的发展，并将最终提高整个京津冀地区现代流通与物流的综合水平。
（五）发展目标
将马坊物流基地建设成为北京东北部地区联系空港和海港的主要物流枢纽，打造具有高起点、高标准、高水平的物流国际陆港。