香港空运货站有限公司在1971年与香港政府签定空运专营协议。首座位于启德机场的货运站于1976年5月落成，货运站曾进行第二期扩建，在1984年4月落成；第二空运货站则于1991年3月落成。1993年香港空运货站处理的空运量超过100万公吨，处理能力属全球最高，理货失误率却是全球最低之一。1997年，在启德机场搬迁前，香港空运货站的年处货量已超过150万公吨。
1998年7月6日，香港国际机场搬迁至赤鱲角，香港空运货站在赤鱲角的超级一号货站同时启用，但于启用初期引起混乱。在经历适应期后，超级一号货站的效率不断提高，现时的年处货量为350万公吨。
2010年5月25日，持有香港空运货站40%股份的国泰航空、中信泰富及太古股份，以25.6亿港元出售予其他五个股东。 持有香港空运货站 60%的股东有优先购买权，购入属于国泰航空等所持有的四成权益，由于怡和原本持有25%权益，在按比例增持及购入股权后，将持有41.67%，成为单一大股东，而九仓持有20.83%，和黄旗下的和黄港口亦持有20.83%，国航母公司中航集团则持有 16.67%。