摘要：物流业企业反馈，现行营业税项目将物流业务划分为运输与服务两类，其中运输、装卸、搬运的营业税率为3％，而仓储、配送、代理的税率为5％。在实际经营中，综合型物流企业各项业务上下关联性强，很难区分运输与服务的收入。物流业没有专用发票，做一笔业务能同时开出多种发票，手续太复杂，不能适应现代物流企业的经营需求。
1.营业税暂行条例（2009年）
第五条规定
（一）纳税人将承揽的运输业务分给其他单位或者个人的，以其取得的全部价款和价外费用扣除其支付给其他单位或者个人的运输费用后的余额为营业额；
该条即规定可以扣除，但注意，不是所有的发票。
其实在实际操作中，你还得看当地地税的具体规定。
2.如果你说的不是营业税的这种抵扣，那么增值税也有抵扣，
增值税相关的规定是一般纳税人，如果取得运输业发票，可以按照7%进行抵扣。
物流企业一般都是营业税纳税人，极少有增值税一般纳税人，当然不能抵扣。
3.再有就是企业所得税了，任何企业取得与生产经营有关的发票，在税法规定的范围内，都是允许扣除的，不仅仅是物流企业了。
4.物流主要交的营业税，按营业税下交通运输业税目走，税率3%，即营业额*3%。
其他税种不一一讨论了。
个人意见，仅供参考