1.1 第三方物流企业市场需求严重不足
在现阶段的我国，对第三方物流有着切实需求的企业仍然主要是一些外商投资企业、一部分新兴的高新技术、连锁经营、电子商务企业和极少数国有大中型工商企业，绝大多数企业仍然保留着“大而全”、“小而全”的经营方式，习惯于自己干物流，不注重培养企业的核心竞争能力，忽视或不愿意采用供应链管理的模式。即使有许多工商企业将运输业务外包给运输企业，仓储业务外包给仓储企业，但也只是企业间简单的、不稳定的业务联系，而绝非供应链管理意义上的合作。
1.2 资源浪费严重，第三方物流效率不高
目前我国第三方物流企业的组成主要有以下几类：一是传统的物流类企业，如那些从运输、储运企业拓展业务转化而来的企业；二是外资来华投资新设立的物流企业；三是工商企业的物流部门转化而来；四是某些内资因看好物流市场而投资新设立的物流企业（包括由网络公司转化而来的第四方物流公司）；五是中国邮政、铁路空运这一类特殊的垄断性物流供应商。
以上几类企业依托各自的优势，正在积极开拓现代物流服务领域，但从目前的情况看，在已有的众多物流企业中，普遍表现出服务能力不足的问题，主要表现在：物流服务机能比较原始和单一；物流运作的效率不高；有效服务网络不足；社会化程度较低等。
1.3 缺乏系统性管理，装备标准化程度低，无序竞争扰乱整体市场秩序
物流业不但涉及公路、铁路、航空、水路甚至管道运输方式，还涉及多种业务种类。物流涉及的行业主管部门不但有交通部、铁道部，还有邮政局、海关等，这些部门各有各的规定，各作各的规划，缺乏统一的大物流构想，因而在物流管理缺乏系统性，在发展物流设施设备上，缺乏前瞻性，标准化程度低，很难与国际物流对接。
由于缺乏系统性管理，物流市场上的无序竞争严重，“劣质”物流企业扰乱整体市场秩序。我国的运输市场还比较混乱，成本的畸形降低使得某些不规范经营的“劣质”物流企业可以在拓展市场时给出很低的报价，而很多物流需求企业出于成本的压力，在外包物流业务或某些物流功能时将价格放在一个非常重要的位置，很多企业明知很多“劣质”物流企业的报价是建立在违法基础上的，但仍然经常选择将运输功能单独外包给那些不规范经营的物流或运输企业。这样不但影响了工商企业将物流整体外包，还出现了很多“胆量大”的“劣质”物流企业在竞争中将合法经营的“优质”物流企业“打败”的现象。
1.4 第三方物流平台构筑滞后，信息化程度低
根据信息化系统的应用范围与广度，目前的物流行业IT应用系统大致划分为以下几个层次：第一层次是单点应用。针对个别功能的各种软件工具和单点系统的建设。第二层次是流程优化。针对物流企业的个别业务流程或管理职能，实施部门级的信息系统建设。第三层次是综合管理。针对整个企业的综合管理，实施企业级的信息系统建设。第四层次是公共平台。所要解决的问题是整个物流行业的信息化问题，如物流信息的发布与共享，物流行业与其他相关机构的信息交互。这些信息化需求不可能由某一家物流企业单独承担，而应该由外部的服务供应商或政府部门负责满足。这一层次的建设内容主要包括物流公共信息交换平台、全球定位系统、地理信息系统、EDI网络服务中心等。而我国在提供基础信息和公共服务的平台发展缓慢。GPS（全球卫星定位系统）、GIS（地理信息系统）技术服务在大型企业的应用比例为23%，在大型物流企业的应用仅为12.5%，在中小企业基本是空白。基础技术服务应用比例过少，整个行业的整合就相对困难。
据不完全统计数据表明，目前，仅有少数规模较大的物流企业的信息化已经达到第二层次，占中国物流企业总数的18%左右。达到第三层次的物流企业则更少，仅占物流企业总数的5%左右。而上升到第四层次到目前为止还没有，信息化程度低，极大制约我国第三方物流的发展。
1.5 国内企业的物流管理观念仍然十分落后
传统物流思想根深蒂固。目前，我国多数企业还奉行一种“麻雀虽小，五脏俱全”的管理思想，从采购材料到销售商品全部由生产企业自身完成。特别是对于那些财务状况还令人满意的企业来说，他们不愿改变现状，不愿通过物流外包的方式来改变现有业务的经营模式。
抵制变化。企业内部设有物流部门的企业，由于仓储、运输等工作技术含量相对较低，所以容纳了不少冗员，企业如果将这些业务外包给第三方物流，则意味着大批员工被解雇。在企业存量得不到妥善解决，职工未被安置的情况下企业是不会去选择第三方物流服务的。
对第三方物流缺乏认识。第三方物流行业相对来说还很年轻，许多企业还没有认识到第三方物流的重要作用。他们担心如果失去内部物流能力，会在与客户交往和其他方面过度依赖第三方物流而失去主动权，这种担心在那些从来没有进行过物流外包业务的企业尤为普遍。
第三方物流企业自身方面原因，实力尚弱。国内第三方物流行业发展水平较低，绝大多数还是传统意义上的运输公司、仓储公司，只不过在名字前面加上了“物流”二字。这些企业交通能力不能满足现代运输要求，仓储设施落后，物流管理人才匮乏，再加上反映第三方物流公司能力的数据相对较少，从而使得一些企业对第三方物流服务存在戒心。