物流系统和其他系统一样，是一个既相互联系又相互影响的整体。物流的七个子系统：仓储，配送，运输，包装装卸，流通加工，搬运，物流信息共同组成了物流系统。他们之间存在着二律背反的现象，就是此消彼长的意思。这个时候必然想到的就是服务水平和物流费用的问题。所以物流系统的设计既要兼顾各个子系统的关系，又要注重费用和服务的比例问题。
物流信息系统应实现的基本功能
物流信息系统从本质上讲是把各种物流活动与某个一体化过程连接在一起的通道。一体化过程应建立在四个功能层次上：交易、管理控制、决策分析，以及制定战略计划系统。
第一层次是交易系统，包括记录订货内容、安排存货任务、作业程序选择、装船、运输、配送、发货、开发票，以及客户查询等。交易系统的特征是：格式规则化、通信交互化、交易批量化，以及作业程序化。结构上的各种过程和大批量的交易相结合主要强调了信息系统的效率。物流信息管理系统管理控制、决策分析以及战略计划制定的强化需要以强大的交易系统为基础。
第二层次是管理控制，要求把主要精力集中在功能衡量和报告上，功能衡量对于提供有关服务水平和资源利用等的管理反馈来说是必要的，因此，管理控制涉及评价过去的功能和鉴别各种可选方案。当物流信息系统有必要报告过去的物流系统功能时，物流信息系统是否能够在其被处理的过程中鉴别出异常情况也是重要的。
第三层次是决策分析，主要把精力集中在决策应用上，协助管理人员鉴别、评估和比较物流战略和策略上的可选方案。决策分析与管理控制不同的是，决策分析的主要精力集中在评估未来策略上的可选方案，并且它需要相对的灵活性，以便作范围很广的选择。因此，使用者需要有更多的专业知识和培训去利用它的能力。既然决策分析的应用要比交易应用少，那么物流信息系统的决策分析趋向于更多地强调有效(Effectiveness)，而不是强调效率(Efficiency)。
最后一个层次是制定战略计划，主要精力集中在信息支持上，以期开发和提炼物流战略。这类决策往往是决策分析层次的延伸，但是通常更加抽象、松散，并且注重于长期。
物流信息系统的组成
物流信息系统本身也是一个系统，它具有系统的一般特性。信息系统是一个企业或组织的内部神经系统，具有整体效应；目的性表现在信息系统的最终目标是为管理决策提供信息支持；信息系统是可以进行分解的，把整个组织的信息系统分解成若干个子系统，而各个子系统又可以划分为若干个模块表现出了系统的层次性；系统的各个组成部分之间又有着各种各样的联系体现出其相关性；由于信息系统最终是为管理和决策服务的，而管理和决策要依赖于企业或组织内部各方面的变化、依赖于外部环境的变化情况，环境发生了变化必然导致信息系统的变化，因此，一个良好的信息系统应具有良好的环境适应性。
在物流信息系统的设计中，可采用“自上而下”的原则将系统分解为若干个子系统，对这些子系统再逐步进行分解和优化，使其结构清晰、功能明确和易于实现。简单来说，物流信息系统一般由以下子系统组成，各子系统均有自己特有的功能：
管理子系统：提供与具体业务无关的，系统所需的功能；
采购子系统：提供原材料采购信息的功能；
仓储管理系统：使用仓储管理系统管理储存业务的收发、分拣、摆放、补货、配
送等等，同时仓储管理系统可以进行库存分析与财务系统集成；
库存子系统：提供库存管理信息的功能；
生产子系统：提供生产产品信息的功能；
销售子系统：提供产品销售信息的功能；
配送子系统：是指根据商品的配送类型做分类后，再按照商品重量与体积等各因素拟定的派车计划、体积装载计划以及配送行程计划等作业系统；
运输子系统：提供产品运输信息的功能；
财务子系统：提供财务管理信息的功能；
决策支持子系统：使物流信息系统达到一个更高的层次。
以上只是物流信息系统功能的框架式划分，而相当重要的各子系统之间的相互关系并没有标识出来。例如，库存子系统就和采购子系统及生产子系统具有密切的关系等等。在物流信息系统结构中，应确定子系统间的信息流与数据接口(包括通信协议与数据标准定义)，满足子系统间为实现数据交换的通信需求。
对企业来说，当实施物流信息系统时，应根据企业自身的行业特点和自己的物流业务流程，规划设计独特的物流信息系统体系结构。在体系结构设计中，应遵循的原则是：
1．具有开放性、模块化及适应性等特点；
2．满足各系统间的数据交换，数据交换的方法必须确保数据的完整性及安全
3、数据交换只需通过通用的数据定义、信息格式及通信协议。这样可以确保不同部门开发各自独立的系统具有互操作性；
4．具有与现有系统及较新通信技术兼容的特点；
5．尽可能兼容已有的技术及已开发的系统；
6．在物流信息技术上，让企业在竞争的市场中具有广泛的选择。