整合制造企业物流系统的目标在于降低物流成本，提高物流效率，拥有最佳市场竞争能力是其终极目标。物流系统设计的好坏决定物流系统实施的效果，优秀的物流系统设计是制造企业物流系统成功运行的开端。
优秀的物流系统设计需要企业与物流系统集成商的相互信任、密切配合和共同努力。从企业角度来看，物流是一个涉及到订单处理、原辅材料的采购、搬运、仓储、保管、半成品、成品的搬运、仓储、保管、配送、废弃物和报废产品的回收处理、客户服务等的复杂过程，涵盖物资流动、信息传递过程以及资金转移过程，既要满足客户需求，实现若干功能的协调运作，还必须提高企业运营效率和效益。
因此，制造企业以及物流系统集成商都要充分理解，物流系统的整合涉及到企业的各方面、各个部门，难度较大，需要强有力的领导和组织保障。建立双方的项目团队。制造企业要进行物流系统整合，需要建立涉及工程、设备部门，而且应包括采购部门、生产部门、销售部门、信息部门等相关业务部门的专家和技术人员的团队组织。对物流系统集成商而言，物流系统设计工作需要相应的资源作为保障，必须根据系统设计的具体要求配置拥有丰富的设计经验和行业经验、能为客户提供量身制作的高质量的设计方案的一大批物流系统设计专家参与其中。系统集成商不要吝啬自己的物流知识和物流经验。
用正确的物流思想、先进的物流理念引导客户，全面介绍物流发展的现状、未来的发展趋势以及新技术、新设备的应用情况，让制造企业对物流系统的发展现状和未来发展有深入的了解和认识，这样制造企业才能结合自己企业的具体情况，对企业的物流系统进行适宜的定位，确定明确的发展目标。企业要制定明确的物流系统发展目标。制造企业应该根据自己企业的发展战略要求来对物流系统的发展目标进行定位，有了明确的目标定位，才能围绕目标确定物流系统规模、自动化程度、信息化程度、智能化程度，才能选用合适的技术、设备实现系统目标。
物流系统的发展目标只有依据企业的整体发展目标来确定，只能由企业自己来定，不能奢望物流系统集成商来为企业制定物流系统的发展目标。物流系统集成对企业而言，无疑是一项极大的投入，是一种关系到可持续发展的系统工程。之所以称之为系统工程，不但因为物流系统与管理系统存在很多方面的接口，而且其自身不是一台单机或一个单元所能组成的全部，而是形成整个企业管理价值链的重要组成。
如何将一个物流系统项目实施得比较完美，系统的设计在其中起到的是至乎关键的决定作用。物流系统设计既需要以科学原理和规律为依据，也需要根据企业的行业特性及企业的个体特性进行综合考虑，是一项非常复杂而具体的活动。优秀的物流系统设计方案，在整个项目当中应该发挥这样的作用，其一，物流系统集成商首先应该对项目的各种层次、结构需求进行详细的咨询与调研；其二，必须按照项目需要完成的目标进行总体规划；其三，必须能对各种所需的设备进行造型并计算；其四，必须就系统方案与用户进行多次验证和修改，最好采用仿真技术，以便在需求与满足之间距离最小化进行有效的改进与完善；其五，要预测到实施后的持续改进以及系统的升级与扩大，为未来的发展提供空间与条件。
这样的物流系统设计，才能令制造业企业可以从更为宏观、更为长期的角度来规划自己的物流系统，从而符合企业的中长期发展计划。其次，只有这样的优秀设计，才能够显著节约投资成本。因为，根据专家的经验积累来看，在系统方案设计中优化设计节省下来的投资费用，与最后设备项目投标中节省下来的费用是不可相提并论的，前者会大得多。另外，系统方案设计得合理、周到，会非常顺畅地与原企业的各种管理接口、工作接口衔接。这种系统设计对于物流系统供应商而言，可以避免这样一种后果，即费尽心血提供的系统不能充分满足用户的需要，当今盛行的物流整体解决方案在实施当中，系统设计是最需要重视的。
企业物流的目标内容如下：
实现物流成本的最低以及作业流程的最优。物流作业管理必要性—物流作业管理的流程—物流作业分析的主要内容—物流作业管理的优化实施，实现企业物流管理总体绩效最大化。
快速响应：这是企业物流作业目标中最基本的要求。快速响应关系到一个企业能否及时满足客户的服务需求。快速响应的能力使企业将物流作业传统上强调的根据预测和存货情况作出计划转向了以小批量运输的方式对客户需求作出反应上来。
最低库存：这是企业物流作业目标中最核心的要求。最低库存的目标同资产占用和相关的周转速度有关。最低库存越少，资产占用就越少；周转速度越快，资产占用也越少；因此，物流系统中存货的财务价值占用企业资产也就越低。在一定的时间内，存货周转率与存货使用率相关。存货周转率高、可得性高，意味着投放到存货上的资产得到了有效利用。 企业物流的目标之一就是要将存货减少到控制在最低可能的水平上。
集中运输是企业物流作业中实施运输成本控制的重要手段之一。运输成本与运输产品的种类、运输规模和运输距离直接相关。
最小变异：在企业物流领域，变异是指破坏系统作业表现的任何未预期到的事件，它可以产生于物流作业的任何地方。
质量：物流作业本身就是在不断地寻求客户服务质量的改善与提高。因此企业物流作业对质量的控制不能有半点马虎。