2003～2005年，全县辖5镇23乡，即芷江镇、公坪镇、罗旧镇、新店坪镇、碧涌镇、牛牯坪乡、艾头坪乡、岩桥乡、水宽乡、麻缨塘乡、竹坪铺乡、木叶溪乡、五郎溪乡、大树坳乡、上坪乡、大洪山乡、土桥乡、杨公庙乡、梨溪口乡、洞下场乡、罗岩乡、板山乡、大垅乡、冷水溪乡、禾梨坳乡、楠木坪乡、罗卜田乡、晓坪乡。有300个村，3217个村民小组，9个居委会。
芷江历史悠久，禹贡为荆州之域，战国属楚黔中地，秦为黔中郡地。汉高祖五年(公元前202年)称无阳县，晋改舞阳县，隶属武陵郡。唐设巫州，后改沅州，宋置卢阳县，清乾隆元年(公元1736年)始称芷江县，属湖南布政使司。民国11年，直隶于省。解放前属湖南省第十行政督察区。新中国成立初，属会同专区。1952年8月改属芷江专署，是年12月属黔阳专区。1981年至今改属怀化地区。1986年9月，经国务院批准，废芷江县设芷江侗族自治县。
在芷江这块土地上，发生过许多重大历史事件。1456年，爆发了沅州苗民起义。1861年，太平天国翼王石达开在今公坪、榆树湾一带与清军激战，重创清军。1936年1月，红二、六军团在今新店坪镇便水一带与尾追之敌激战，毙敌千余人，史称“便水战斗”。1945年，抗日战争胜利结束，举世瞩目的中日洽降在七里桥举行，芷江一举成为享誉中外的受降名城。
在芷江历史上，出现过不少有影响的人物。明清时期，即有杨茂、马元吉等经史学家，释浑融等抗清义士，李子隆等书画名家。就近代来说，1873年生于木叶溪乡的张学济在汉口创办《大江日报》，同孙中山、黄兴、蔡锷一道，把毕生的精力都献给了中国的民主革命，1920年殁于湖北来凤城，时年47岁。1866年生于艾头坪乡的杨凤笙长期担任《湘报》主笔，鼓吹维新，为戊戌变法之中心人物。在现代，芷江还涌现了著名教育家王一知、画家舒伯昌等一批专家和知名人士。