历史以来，盛传闽清自北宋皇祐八年（1063）许将中状元之后开始分都。
据明代黄仲昭的《八闽通志》，卷之十五记载，闽清系元代开始设都。
全县设24个都，其中缺十三、十八都，其变化原因已无资料可考。
明代，初期行政区划沿用旧制，乡不变，但复分居仁、护仁为两个里，全县计2个乡，9个里，统各个都。
奉政乡辖宣政、金沙、贺恩、安仁等4个里；寿宁乡辖仁寿、孝顺、居仁、护仁、盖平等5个里。
洪武五年（1372），实行乡、里（坊）、都、图制。
奉政乡宣政里：升平坊、一都、二都统一个图。
和丰坊、十六都、十七都统一个图。
奉政乡安仁里：十九都、十八都、二十都、二十一都、二十二都、二十三都、二十四都统一个图。
奉政乡孝顺里：六都、四都及三都的一半统一个图。
九都、五都、七都、八都及三都的一半统一个图。
寿宁乡仁寿里：十一都、十都、十二都统一个图。
十四都、十三都、十五都统一个图。
清代，顺治十七年（1660），全县设2个坊5个乡。
升平坊：辖县城（包括县前铺、中街铺、县后铺、玉山铺）和六墩、葭（佳）洋、曹埔、下金、钟石、下亭、岭头、上湖、石榴洋、东坑、祥溪口；陈洋、扶山、塔头、桥东、柿兜、马坪、西园等自然村。
和丰坊：辖际上、官庄、台头、郑埔、后垄、前坪、火烧桥、吉溪、土城、潭口；樟边林、半山里、池埔、尾头、园头、溪前、前坪、上宅、马坑；半岭、白云寺、西山、前洋、后洋、一炉、苦山、桥头、大雄塘、尾楼、大塅、里炉、汤下等自然村。
旌善乡：辖坂中、湖头、梭罗岭、巷尾、溪头埔、田坑、加斜、下山垄、名山寺、沙埕墘、堂边、坂头、车墘、下杭、上墩、仁溪洋、墘上、坪下、陈田、杨厝柄、李厝柄、榕坪、上汾、堂下、前埔等自然村。
旌良乡：辖坜埔、高厝前、鹫峰岭、功德寺、坑头、龟洋、炉下；白岩寺、罗坪、山中、郑地、葫芦门、礁垄、桥头；茶口、桐柄、炉溪、坂尾、塔庄、矮楼亭（爱留亭）、柯洋仙；隔头、地藏寺、积善寺、溪西、溪东、楼仔、下庄、洋头、莲宅；桥头、省汾、枫坪、牛角桥、柴岭、陈山洋、兰兜洋、洋里、塘下、水门里；磻亭、四角寨、上院寺、岭里、墓边、下店堂、下坂洋、山边厝等自然村。
淳化乡：辖洋尾、公厝、坑口、官洋、玉水、际兜、饭洋、芹菜垄、王洋、横坑；池园、井后、宝山、洋头、观音堂、潘亭洋、东峰头、溪墘里、溪坪、店前、吴厝后、上坑寨、大荣坂、田地、微溪；莲埔、炉下、田溪寺、来超寺、峰洋、隔头、田中（林中）、新墘、山头、下洋、庄洋、石圳、池边、际头等自然村。
绥来乡：辖金沙堂、继善、下溪、上溪桥、上演、墘面、云际、宝峰、下路、林洋、东坑、横坑、小园头、广坑、大墘菜、下斜、古洋、朱洋山、龙贡隔、澳柄、浪汤洋、湖岭、人皇寺、鹤林；五峰桥、丽山头、朱墩、广济岩、普贤寺、宝安寺、宫场、田中、溪演、文里垄、白汀、前坂、下黄石、坑口、油濑（攸太）等自然村。
怀德乡：辖杉仓、厚锦、云山、洋头、上祝、下祝、后房、溪源、洋边、罗桥、渡塘、前洋、后洋、下寮坑、文洋；许庄、殿洋、半岭、乌山、竹河、高港、崎兜、仓后埔、姜园、上马；官圳、龙腰桥、南坑、过洋、局里、岭尾、桥头、墓垄、恭竹居、山限、横路、东山；感德洋、祭山寺、光南竹、前场、祭源、小际、溪坪、大王坑、后柿、上地元；汤寿桥、岩头、温汤、四保、理北山、官山、曲坑、牛墘、桔林、槐林、圳石、马洋、潭津尾、马坑、下保、李家义、半岭、北垄、山头顶、高洋；桃园、潘宅、洋尾垄、前洋、后洋等自然村。
后因在县屯粮，另立一乡。
乾隆二年（1737）将海防屯粮割归在县，又立一乡，乡名和辖地已无法查证。
民国时期，初仍袭清制。
民国4年（1915），全县设5个区7个保卫团：第一区第一团辖一、二、十六都；第二区第二团辖三、四、六都；第三团辖五、七都；第三区第四团辖八、九、十都；第四区第五团辖十一、十二、十五都；第六团辖十四、十七都；第五区第七团辖十九、二十、二十一、二十二、二十三、二十四都。
同时，在区以下设保，保以下设甲，甲以下设牌。
民国17年9月，实施《县组织法》，全县设5个区公所。
民国23年5月，实行保甲制度，区公所之下设保、甲。
民国25年8月，撤销区公所，改设区署，全县设3个区署，30个联保，187个保，2071个甲。
民国27年12月，区署不变，全县调整为19个联保，142个保，1665甲。
民国29年6月，区署不变，撤销联保，建立16个乡镇，保甲不变。
2008年，闽清县辖11个镇、5个乡：梅城镇、坂东镇、池园镇、梅溪镇、白樟镇、白中镇、塔庄镇、东桥镇、雄江镇、金沙镇、省璜镇、云龙乡、上莲乡、三溪乡、下祝乡、桔林乡。