1368年建立明朝时，朱元璋占领南京已有12年。1366年他下令开始修建城墙。刚建成时，内城共有13座城门，其中就包括石城门。但事实上，石城门的历史比明城墙更加悠久。
据《江宁府志·城邑考》记载:明初鼎新，京城唯南门、大西、水西三门尚仍旧，而易以新名。这里的南门是今天的中华门，大西门就是石城门。
早在杨吴天佑十二年(915年)建造金陵府城时，位于城西的这座城门已具雏形，那时名为大西门。经南唐的改扩建，再历时宋元，4个朝代、400余年的承上启下，至朱元璋建明城墙时已具规模查阅《南唐江宁府图》、《宋建康府图》和《元集庆路图》，这400余年间只是名称略有改动，大西门演变成了西门。
此门以北里许，就是南京著名的石头山(今称清凉山)，山上有东周楚国的金陵邑城和金陵第一帝孙权在故址上修筑的石头城。登上城门楼，石头城一览无余。明朝统治者寄希望于这座城门能够像当年石头城一样坚如磐石，固若金汤，于是将大西门易名为石城门。
为何叫旱西门?这要追溯到南唐时期。烈祖李昪定都南京后，将城西紧邻内秦淮河交通要道而建筑的城门命名为龙光门，又称下水门，民间则称其水西门。至元朝，水西门这个称呼被官方接受。查阅《元集庆路图》，水西门已作为正式标注出现在该图之上。明初，城墙建好以后，朱元璋将水西门改名为三山门，但民间仍习惯性地称其为水西门。同时人们也不习惯称呼石城门，为示区别与对应，便称其为旱西门。一水一旱，倒也形象。
至清朝，不知是出于清朝怀柔政策的需要，还是民间反清情绪的潜移默化，旱西门又逐渐演变成了汉西门，并在民间一直沿用至今。