相传隋代此处有一风穴，故名凤里，后建凤里庵，建有石亭，旁立一对石狮，名为石狮亭，商旅往来，以石狮为标记，久之遂成惯称。自唐朝以来，石狮是南安县、晋江县境地。
唐武德元年（618年），石狮境内行政区域属建州南安县。开元六年（718年），析南安东南地置晋江县，石狮境域属泉州晋江县。宋初，石狮境域属平海军晋江县，后属泉州晋江县。元代，属泉州路（一度改称泉州府）晋江县。明代，石狮境域属泉州府晋江县。清乾隆三十一年（1766年），增设晋江县石狮分县。以晋江县贴堂县丞驻石狮街，代管安海。乾隆三十五年，石狮县丞移驻安海旧通判署，嗣后，改设安海分县，石狮一带事务仍归晋江县处理。清代，石狮境域属泉州府晋江县。
民国元年，石狮境域属南路道晋江县。民国三年，属厦门道晋江县。民国十六年，属福建省晋江县。民国廿三年7月，属福建省第五行政督察区晋江县。民国廿四年10月，属福建省第四行政督察区晋江县。1942年设石狮镇，属晋江县。1949年9月，石狮境域属福建省第五行政督察专员公署晋江县。1949年9月2日石狮镇解放。（石狮现在最为主要的街道之一 九二路）
1980年1月，属晋江地区晋江县。1986年1月，属泉州市晋江县。1987年12月17日，经国务院批准，析晋江县石狮、蚶江、永宁3个镇和祥芝乡，置石狮市，由泉州市代管，为省辖县级市，并作为福建省综合改革试验区。1988年9月30日石狮市正式成立。
1990年10月，撤销石狮镇建制，成立石狮街道。1991年10月，撤销祥芝乡建制，成立祥芝镇。
1993年7月，石狮街道一分为四，成立宝盖镇、灵秀镇、凤里街道、湖滨街道。
1997年石狮市辖2个街道、5个镇，15个居委会、100个行政村。
凤里街道 面积3.98平方千米，辖8个居委会、3个行政村：东村、后花、宽仁、馆顶、仁里、新华、华南、华仑；新华、五星、大仑。
湖滨街道 面积6.17平方千米，辖6个居委会、4个行政村：湖东、新湖、湖南、金林、仙迹、花园城；曾坑、新湖、长福、林边。
蚶江镇 面积34.38平方千米，辖19个行政村：石渔、锦里、莲东、石壁、锦亭、石农、锦江、莲中、东?、水头、大厦、蚶江、莲西、洪窟、古山、厝仔、莲塘、溪前、青莲。（另有一说面积38.47平方千米）
祥芝镇 面积46.51平方千米，辖28个行政村：伍堡、西墩、祥渔、?渔、祥农、大堡、洪厝、古浮、莲坂、后湖、丘下、赤湖、东店、杨厝、西港、东园、莲厝、郭厝、厝上、锦尚、卢厝、港前、谢厝、深埕、东埔一、东埔二、东埔三、奈厝前。
永宁镇 辖有1个居委会、20个行政村：永宁；沙堤、下宅、郭坑、山边、院东、郭宅、塔石、西偏、洋厝、前埔、子英、西岑、港边、梅林、外高、浯沙、金埭、沙美、新沙堤、后杆柄。
宝盖镇 面积21.53平方千米，辖15个行政村：玉浦、上浦、雪上、塘头、龙穴、杆头、坑东、前园、前坑、塘后、后垵、松茂、仑后、龟湖、塘边。
灵秀镇 面积16.32平方千米，辖11个行政村：彭田、前廊、塔前、茂厦、港塘、仕林、塘园、钞坑、华山、灵狮、灵峰、灵山。
1999年7月15日，经省民政厅批准，增设鸿山镇，辖从祥芝镇划出的西墩、东埔一、东埔二、东埔三、伍堡、洪厝、莲厝、郭厝、东园、丘下10个村；增设锦尚镇，辖从祥芝镇划出的锦尚、东店、厝上、杨厝、西港、深埕、谢厝、卢厝、港前、奈厝前10个村。
2000年，石狮市辖2个街道、7个镇：凤里街道办事处、湖滨街道办事处、灵秀镇、宝盖镇、蚶江镇、永宁镇、祥芝填、鸿山镇、锦尚镇。 根据第五次人口普查数据：总人口498786人，其中各乡镇人口（人）： 湖滨街道 81494 凤里街道 79052 灵秀镇 75261 宝盖镇 54757 蚶江镇 56953 祥芝镇 43714 鸿山镇 33157 锦尚镇 24666 永宁镇 49732。
2003年末，石狮市辖2个街道（凤里、湖滨）、7个镇（永宁、蚶江、祥芝、宝盖、灵秀、鸿山、锦尚），2个居委会、19个社区、101个村委会。2003年末，全市总户数79857户，总人口303120人，其中非农业人口100934人。各街镇人口（人）：湖滨街道 29984 凤里街道 32449 灵秀镇 52110 宝盖镇 67379 蚶江镇 49586 祥芝镇 30941 鸿山镇 29444 锦尚镇 22377 永宁镇 53474 。
2005年，石狮市辖湖滨、凤里2个街道，灵秀、宝盖、蚶江、永宁、祥芝、鸿山、锦尚7个镇，共有20个社区、1个居委会、101个行政村。
2007年，石狮市辖 9个镇（街道）。其中镇7个、街道办事处2个，村（社区居）委会122个，其中村101个、社区居委会21个。