销售方代垫运费计入应收账款科目。
扩展知识：
1、应收账款
应收账款是指企业因销售商品、提供劳务等经营活动，应向购货单位或接受劳务单位收取的款项，主要包括企业销售商品或提供劳务等应向有关债务人收取的价款及代购货单位垫付的包装费、运杂费等。
2、代垫运费的科目
代垫运费的处理，会计上应该根据不同的主体来进行处理。那么代垫运费计入什么科目?如果是销售方代垫的运费，那么就计入到应收账款科目，如果是购买方代垫的运费。那么需要通过其他应收款科目核算。
销售方代垫运费记“应收账款”；购买方代垫运费记“其他应收款”
其他应收账款包括应收的各种赔款、罚款，如因企业财产等遭受意外损失而向有关保险公司收取的赔款等;
应收的出租包装物租金;应向职工收取的各种垫付款项，如为职工垫付的水电费、应由职工负担的医药费;存出保证金，如租入包装物支付的押金;其他各种应收、暂付款项。
3、运费结算方式：
一是代垫(承运单位将运费发票开具给购货方，销售方原票转交)，
二是代收代付(承运单位将运费发票开具给销售方，销售方将运费并入货款)。
企业代垫付运费时：借：应收账款—公司名称；贷：银行存款。
企业收回代垫付的运费时：借：银行存款；贷：其他应收款—公司名称。
付运费：如果销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。
由于在税收方面，代垫运费销售方不需承担税负，而代收代付运费则要承担额外的税负(因为运费抵扣率只有9%,而并入货款征税税率为13%,低扣高征)，所以，在业务中，销售方大多希望采用两票制结算，即代垫运费。