截至2019年7月，北京市通州区共辖4个街道、10个镇、1个乡： 永顺镇、梨园镇、宋庄镇、漷县镇、张家湾镇、马驹桥镇、西集镇、永乐店镇、潞城镇、台湖镇、于家务乡、中仓街道、新华街道、玉桥街道、北苑街道。
1、于家务乡
于家务乡是北京市通州区下辖的一个乡。又名于家务回族乡，于家务回族乡位于通州区南部，距通州卫星城21公里，东邻永乐店镇，西、南与大兴区采育镇接壤，紧临京津塘高速公路采育出口，距通州新城19公里，是北京市五个少数民族乡之一，也是通州区唯一的少数民族乡。
于家务乡辖23个行政村，总面积65.7平方公里，耕地面积50081亩。
2、中仓街道
中仓街道为北京市通州区辖街道。位于区境北部。2006年末。辖16个社区。办事处驻中仓小区14号楼。中仓街道位于北京市通州区通州城中部，辖区有17个民族居住，其中城区最大的少数民族回族居住区南大街。
3、新华街道
新华街道隶属于北京市通州区辖街道。位于区境北部。面积3.25平方千米，辖7个社区。
4、玉桥街道
玉桥街道位于北京市通州区东南部，辖区面积11.2平方公里。辖区下设社区居委会10个，有社会单位120个。
5、北苑街道
北苑街道，为北京市通州区辖街道。位于区境北部，面积8.2平方千米，辖19个社区。