肇源县辖8个镇、8个乡：福兴乡、三站镇、薄荷台乡、二站镇、和平乡、肇源镇、头台镇、大兴乡、浩德蒙古族乡、义顺蒙古族乡、古龙镇、新站镇、民意乡、茂兴镇、超等蒙古族乡、古恰镇。以及立陡山良种场、新立良种场、经作场、种畜场、茂兴湖水产养殖场。共有11个社区居委会、138个村委会。
福兴乡 辖7个村委会（永兴村、福兴村、新兴村、瑞兴村、复兴村、吉兴村、义兴村）。
三站镇 辖11个村委会（宏大村、宏源村、宏旗村、宏林村、宏伟
肇源县
村、宏生村、宏合村、宏昌村、宏亮村、宏权村、宏光村）。
薄荷台乡 辖个村委会（八家子村、前台村、后台村、双龙村、芳春村、永祥村、哈拉海村、葫芦系村、永久村）。
二站镇 辖12个村委会（东海峰村、裕民村、利民村、希望村、土城子村、小湾子村、莲花泡村、新发村、小城子村、曙光村、平原村、丰产村）。
和平乡 辖5个村委会（和平村、立功村、华原村、工农村、敏字村、利德村）。
肇源镇 辖11个社区、10个村委会（东山社区、城北社区、南苑社区、城南社区、兴源社区、松花江社区、东苑社区、东城社区、广场社区、西海社区、龙源社区、兴安村、老虎背村、双胜村、四方山村、郊原村、东兴村、代龙村、龙谊村、临江村、解放村）。
头台镇 辖10个村委会（头台村、团结村、七家子村、瓦房村、三合村、东大村、花尔村、劳动村、仁和卜村、革新村）。
大兴乡 辖6个村委会（前进村、通兴村、联结村、支前村、同心村、前土村）。
浩德乡 辖5个村委会（老山村、西浩德村、兴海村、石庄子村、莲花村）。
义顺乡 辖7个村委会（东义顺村、西义顺村、长发村、勇进村、长胜村、东发村、革志村）。
古龙镇 辖14个村委会（永胜村、得胜村、河南村、古龙村、道宝村、立陡山村、长山村、东太村、大革村、永跃村、立强村、伍家村、富强村、共荣村）。
新站镇 辖2个居委会、11个村委会（新站居委会、新肇居委会、
肇源县
安合村、靠山村、先进村、振余村、新站村、新合村、发展村、向前村、古城村、巴彦村、新城村）。
民意乡 辖6个村委会（自主村、大庙村、公营子村、建国村、民意村、建民村）。
茂兴镇 辖7个村委会（当权村、自力村、一心村、合心村、幸福村、光明村、辉煌村）。
超等乡 辖7个村委会（成功村、维新村、自由村、有利村、共和村、博尔诺村、超等村）。
古恰镇 辖10个村委会（古恰村、哈友村、兴发村、托古村、沿海村、仓粮村、孟克里村、三家子村、新立村、前永利村）。
新立良种场
辖3个村委会（六家子村、小河子村、新立屯）余略。