祥芝，原名箕。宋、元时属晋江县安仁乡永宁里。明、清分隶二十、二十一都。隶属二十都的有东埔、港东、深埕、谢厝、卢厝、西坑、港前、厝上、西港、上埭、洪窟11村；隶属二十一都的有祥芝、大堡、前山、古浮、莲坂板、湖西、洪厝、伍堡、赤湖、后湖、山兜、前厝、东店、杨厝、后山、东园、莲厝、邱下、郭厝、奈厝前、湖厝、墩厝、墩上、草柄、乌山脚和2个已废村落塔山村、西山村共31个自然村。民国31年为晋江县祥芝乡。民国33年，祥芝与蚶江合并为复兴乡。民国38年9月底，祥芝划为晋江县第九区。1952年属晋江县第十四区(双湖区)。1956年属莲塘区，1958年9月，成立祥芝红旗人民公社。1961年，改称祥芝人民公社，1984年，改为祥芝乡，1991年10月，改为祥芝镇。
石狮建市后，祥芝乡隶属石狮市。1997年，祥芝镇辖伍堡、西墩、祥渔、垵渔、祥农、大堡、洪厝、古浮、莲坂、后湖、邱下、赤湖、东店、杨厝、西港、东园、莲厝、郭厝、厝上、锦尚、卢厝、港前、谢厝、深埕、东埔一、东埔二、东埔三、奈厝前28个行政村，共有35个自然村。