如果是物流业一般纳税人的话，增值税发票分为两种，一种是货运业增值税发票，税率是11%，可以开运费。另一种是增值税专用发票，税率是6%，可以开仓储费、搬运费。
增值税专用发票是由国家税务总局监制设计印制的，只限于增值税一般纳税人领购使用的，既作为纳税人反映经济活动中的重要会计凭证又是兼记销货方纳税义务和购货方进项税额的合法证明;是增值税计算和管理中重要的决定性的合法的专用发票。
从2014年1月1日起，铁路运输和邮政业纳入“营改增”试点范围，企业收发快递取得的增值税专用发票可以抵扣。
从1月起，提供收派服务的快递业企业，具有一般纳税人资格的可至国税部门自行领用、开具6%的增值税专用发票;已办理国税税务登记的增值税小规模纳税人(包括个体经营者)以及国税总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人，发生增值税应税行为需要开具专用发票的，可携带相关资料至国税部门代开3%的增值税专用发票。
运费税率
法律分析：
个人代开运输发票增值税税率是3%，另外还需要缴纳增值税的附加税费三项合计为增值税税款的12%，以及个税预征，预征率为增值税发票不含税金额的1.5%。运输价格即货物运输和旅客运输价格。简称运价。国民经济价格体系的一个组成部分。货物运输价格种类：运输价格按运输方式的不同，可以分为铁路运价、水运运价、汽车运价、航空运价和管道运输运价;按货物运载方式和要求的目的不同，可以分为整车运价和零担运价;按运输距离远近的不同，可以分为长途运价、短途运价;根据国民经济决策和方针政策的需要,有特定运价、优待运价等。此外，依据运输特点和条件的不同，还有联运运价、专程运价、特种货物运价，以及区域运价等等。
法律依据：
《税收征收管理法》 第二十八条 税务机关依照法律、行政法规的规定征收税款，不得违反法律、行政法规的规定开征、停征、多征、少征、提前征收、延缓征收或者摊派税款。农业税应纳税额按照法律、行政法规的规定核定。
衍生问题：
运输发票税额是什么？是对增值税一般纳税人外购货物或销售货物(固定资产除外)所支付的运输费用(代垫运费除外)，根据运费结算单据(普通发票)所列运费金额，依11%的扣除率计算进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。
根据现行法律规定运费税率是11%，但是年应交增值税销售额小于500万元的小规模纳税人，适用3%的“征收率”。
法律依据：
《营业税改征增值税试点实施办法》第十五条的规定，增值税税率：
（一）纳税人发生应税行为，除本条第（二）项、第（三）项、第（四）项规定外，税率为6％。
（二）提供交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，税率为11%。
（三）提供有形动产租赁服务，税率为17%。
（四）境内单位和个人发生的跨境应税行为，税率为零。具体范围由财政部和国家税务总局另行规定。
《营业税改征增值税试点实施办法》第十六条：增值税征收率为3%，财政部和国家税务总局另有规定的除外。