吴中区辖8个街道、10个镇：长桥街道、开发区街道、越溪街道、郭巷街道、横泾街道、香山街道、苏苑街道、龙西街道、甪直镇、车坊镇、藏书镇、木渎镇、胥口镇、浦庄镇、渡村镇、东山镇、光福镇、西山镇。
吴中区辖13个镇：长桥镇、甪直镇、车坊镇、郭巷镇、光福镇、藏书镇、木渎镇、胥口镇、横泾镇、浦庄镇、渡村镇、东山镇、西山镇。（根据江苏省2003年底村及村以上代码整理）
长桥镇 辖：社区居委会（蠡墅、先锋、新家、龙桥、龙西、新南、新北）。
甪直镇 辖：居委会（甪青、正阳、中和、建新、南汇）；村委会（淞南、淞港、淞浦、澄北、澄湖、澄东、甫里、甫南、甫港、甫田）。
车坊镇 辖：居委会（车坊）；村委会（江湾、朝前、鄂田、旺浜、华云、前港、湖浜、澄湖、长渠、瑶盛、李家、金园、大仓、横港、车渔、三马）。
郭巷镇 辖：居委会（郭巷）；社区居委会（塘北）；村委会（黄潦、潦泾、长丰、湾里、浮桥、塘东、戈湾、五浦、六浦、徐浜、双浜、姜庄、尹山、六丰、善浦、塘南、姜家、独墅湖、马巷、官浦、通桥）。
光福镇 辖：居委会（梅园、东淹湖、太湖）；村委会（福利、舟山、邓尉、香雪、湖中、冲山、府巷、迂里）。
藏书镇 辖：居委会（藏书）；村委会（藏东、藏南、藏西、藏北、藏中）。
木渎镇 辖：社区居委会（香溪、花苑、白塔、同春、翠坊、下塘、胥江）；村委会（灵岩、尧峰、金山、天平、姑苏、西跨塘）。
胥口镇 辖：社区居委会（胥江、子胥）；村委会（东欣、新峰、箭泾、香山）。
横泾镇 辖：居委会（上塘、下塘、西环）；村委会（新路、新齐、镇南、新众、尧南、新思、三星、上庄、后巷、马家、新湖、上林）。
浦庄镇 辖：居委会（浦庄）；村委会（湖桥、浦庄、马舍、石庄、界路、东吴）。
渡村镇 辖：居委会（渡村）；村委会（牛桥、石塘、石舍、采莲、前塘、灵湖、陆舍）。
东山镇 辖：居委会（东山、叶巷、渡桥、西新）；村委会（杨湾、三山、碧螺、潦里、陆巷、双湾、莫厘、吴巷、渡口、渡桥、太湖、新潦）。
西山镇 辖：居委会（镇夏、东河）；村委会（元山、蒋东、庭山、林屋、秉常、石公、东蔡、缥缈、衙甪里、堂里、东河、东村）。
直辖居委会 辖：社区居委会（月浜、月浜二村、龙港村、宝带、月亮湾、嘉宝花园、东吴花园、澹台湖、北区、苑联、苑东、苑南、苑北、南区、东吴、北巷、西塘、南巷、文卫、水香苑、水香六村、新景苑、新苑、吴中苑、龙苑、盘蠡、龙西新村、美之国花园、龙华苑）。
开发区 辖：居委会（龙南、新江、碧波、白云街、南港、盛丰苑、商贸城、吴中商城）；社区居委会（宝带桥、红庄、东湖、南石湖、珠村、吴山、龙翔、莫舍、溪上、木林）；村委会（张桥、旺山）。
度假区 辖：居委会（蒋墩、长沙、叶山、中心）；村委会（梅舍、郁舍、香山、小横山）；江苏省太湖采石公司、吴中区良种场、吴中区林场。