1949年1月，启东全境解放，恢复启东县建制，考虑到原启东县地域过于狭小，且南通县、海门县地域东西向过于漫长，不易管理，将原海门东部海东、二效等区、南通县东部吕四区并入启东县。1954年9月，又将海门县王鲍区等地12个乡并入启东县。1954年12月，海门县通兴农场也划归启东县。
2008年，启东实施乡镇行政区划调整：①撤销汇龙镇、永阳镇、惠丰镇，合并设立汇龙镇；②撤销民主镇、北新镇，合并设立北新镇；③撤销大兴镇、惠萍镇，合并设立惠萍镇；④撤销和合镇、寅阳镇，合并设立寅阳镇；⑤撤销新安镇、东海镇，合并设立东海镇；⑥撤销向阳镇、近海镇，合并设立近海镇；⑦撤销少直镇、南阳镇，合并设立南阳镇；⑧撤销东元镇、海复镇，合并设立海复镇；⑨撤销志良镇、合作镇，合并设立合作镇；⑩撤销久隆镇、王鲍镇，合并设立王鲍镇；⑾撤销天汾镇、兆民镇、吕四港镇，合并设立吕四港镇。
截至2014年2月，启东市下辖11个建制镇、1个乡，分别是：汇龙镇、北新镇、惠萍镇、寅阳镇、东海镇、近海镇、南阳镇、海复镇、合作镇、王鲍镇、吕四港镇、启隆乡。 江苏省启东市行政区划 镇名面积（平方千米）人口（人）汇龙镇128.51189038北新镇98.9440962 惠萍镇102.6994774寅阳镇101.8881309东海镇90.7073772近海镇76.5066190南阳镇131.72115233海复镇69.7460143合作镇99.6681594王鲍镇116.6099899吕四港镇128.96168994启隆乡19.863250