共分为14个科
1.Agamidae 鬣蜥科：分为6个亚科，共计56属445种
—Agaminae 鬣蜥亚科 11属124种
—Amphibolurinae 髭蜥亚科 14属100种
—Draconinae 飞蜥亚科 27属191种
—Hydrosaurinae 海蜥亚科 1属3种
—Leiolepidinae 蜡皮蜥亚科 1属9种
—Uromastycinae 刺尾蜥亚科 2属18种
2.Chamaeleonidae 避役科：共计12属200种
曾经的美洲鬣蜥科拆分成以下12个科：
3.Corytophanidae 海帆蜥科：3属9种
4.Crotaphytidae 项圈蜥科：共计2属12种
5.Dactyloidae 安乐蜥科：共计1属391种
6.Hoplocercidae 荆尾蜥科：共计3属16种
7.Iguanidae 美洲鬣蜥科：共计8属39种
8.Leiocephalidae 卷尾鬣蜥科：共计1属29种
9.Leiosauridae 平鳞蜥科：共计6属32种
10.Liolaemidae 平咽蜥科：共计3属286种
11.Opluridae 盾尾蜥科：共计2属7种
12.Phrynosomatidae 角蜥科：分为2个亚科，共计9属148种
—Phrynosomatinae 角蜥亚科 5属31种
—Sceloporinae 强棱蜥亚科 4属117种
13.Polychrotidae 四鳞爪蜥科：共计1属7种
14.Tropiduridae 嵴尾蜥科：共计8属125种 共分为7个科
15.Gekkonidae 壁虎科：共计56属996种
16.Carphodactylidae 藁趾虎科：共计7属30种
17.Diplodactylidae 澳虎科：共计25属128种
18.Eublepharidae 睑虎科：共计6属32种
19.Phyllodactylidae 叶趾虎科：共计10属134种
20.Sphaerodactylidae 球趾虎科：共计13属209种
原本的壁虎科拆分成以上6科
21.Pygopodidae 鳞脚蜥科：共计7属44种 共分为7个科
曾经的非洲蜥蜴科拆分成以下2个科
22.Cordylidae 环尾蜥科：共计10属64种
23.Gerrhosauridae 板蜥科：共计7属37种
曾经的美洲蜥蜴科拆分成以下2个科
24.Gymnophthalmidae 裸眼蜥科：分为5个亚科，共计45属244种（Pantepuisaurus、Kaieteurosaurus、Adercosaurus这3个单型属未分入亚科）
—Alopoglossinae 狐舌蜥亚科 2属22种
—Cercosaurinae 梭蜥亚科 15属148种
—Ecpleopinae 全肢蜥亚科 7属34种
—Gymnophthalminae 裸眼蜥亚科 17属36种
—Rhachisaurinae 刺蜥亚科 1属1种
25.Teiidae 美洲蜥蜴科：共计16属146种
26.Lacertidae 蜥蜴科：共计44属321种
27.Scincidae 石龙子科：分为7个亚科，共计149属1582种
—Acontinae 箭蜥亚科 2属26种
—Egerniinae 胎生蜥亚科 9属58种
—Eugongylinae 侏蜥亚科 41属419种
—Lygosominae蝘蜓亚科 5属52种
—Mabuyinae 南蜥亚科 22属191种
—Sphenomorphinae 蜓蜥亚科 35属559种
—Scincinae石龙子亚科 35属277种
28.Xantusiidae 黄蜥科：共计3属34种 共分为5个科
曾经的蛇蜥科拆成以下2个科
29.Anguidae 蛇蜥科：分为2个亚科，共计10属73种
—Anguinae 蛇蜥亚科 4属20种
—Gerrhonotinae 侧褶蜥亚科 6属53种
30.Diploglossidae 肢蛇蜥科：共计3属51种
31.Anniellidae 蠕蜥科：共计1属6种
32.Xenosauridae 异蜥科：共计1属10种
33.Shinisauridae 鳄蜥科：共计1属1种 共分为3个科
35.Helodermatida 毒蜥科：共计1属2种
36.Lanthanotidae 拟毒蜥科：共计1属1种
37.Varanidae 巨蜥科：共计1属74种