物流公司支付运费的会计分录：
物流公司自己支付的进货运费
借：库存商品等
贷：银行存款
预收运费，进行支付
借：预收账款-运费
贷：银行存款
支付运费对应进项税额能否抵扣的处理：
销售货物时，支付运费：如果销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额；
购买货物时，支付运费：如果外购货物是用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额；
如果外购货物用于了增值税应税项目，取得普通发票，但是支付的运费取得增值税专用发票的，则可以凭票抵扣运费的进项税额；如果未取得增值税专用发票的，则不得抵扣运费的进项税额。
企业销售商品在运输货物的过程中发生的费用一般由买方承担。对于运费，企业可计入销售费用、应收账款等科目核算，具体的会计分录如何写？
发货运费的会计分录
1、销售商品支付运费时
借：销售费用
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
2、代垫运费时
借：应收账款
贷：银行存款
3、收回代垫运费时
借：银行存款
贷：应收账款
采购材料发生运费的会计分录
1、运费计入材料成本
借：原材料
应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：银行存款
2、购进不需要安装固定资产发生运费
借：固定资产
贷：银行存款/库存现金
3、购进需要安装固定资产发生运费
借：在建工程
贷：银行存款/库存现金
4、安装完工投入使用，安装材料费、安装费、购进原价一并结转
借：固定资产
贷：在建工程
支付运费的进项税额能否抵扣？
1、销售货物支付运费时
销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额；
2、购买货物支付运费时
（1）外购货物是用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额；
（2）外购货物用于增值税应税项目，取得普通发票，但是支付的运费取得增值税专用发票的，则可以凭票抵扣运费的进项税额；
（3）未取得增值税专用发票的，则不得抵扣运费的进项税额。