木杆镇四河纵贯，十五条溪沟、八个自然塘，清明前后，化雪汇集，溪沟俱满。丰富的水源养育了丰富的动植物。开垦之初，无论高山河谷，遍布原始森林，解放初仅三江口一带就有原始森林六万三千多亩，那郁郁葱葱、莽莽苍苍的林木正是木杆镇蓬勃生命之所在。然而，至八十年代末的四十年间，人们每年都要砍伐掉许多林木，三江口一带每年都以三千立方米、一百亩面积的速度砍伐，至八十年代中期，仅剩原始森林三万亩。三江口林场还曾有过“毁林造林”的做法，毁掉上万亩灌木竹林后再进行造林，直接破坏了世界珍稀植物筇竹林的生长环境。已开采的森林未能充分开发，仅仅得到了木材，其它资源均被浪费，甚至有许多大树放倒后无法运出，任其腐烂。森林开采还破坏了山货药材资源和动物栖息地，许多物种已稀少或灭绝，生态局部失去平衡。好在近些年来，国家采取措施，封山育林，森林得到保护，毁林不再，木杆又开始丰美起来。今天，木杆的林地面积已达二十四万余亩，森林覆盖率高达65%以上，珙桐、红豆杉等国家保护植物，天麻、黄山药、株林等名贵药材，熊、豹、狐、野牛、野猪等野生动物又多了起来，三江口已成为了国家级自然保护区。木杆镇筇竹资源丰富，有八万四千多亩，当地人称之为罗汉竹。筇竹是国家三级保护植物，适宜生长在海拔一千七百米以上高山上，竹筒短，竹节凸起，笋肉鲜嫩，是出口佳品。筇竹六十年开花一次，开花结籽后即成片枯死，1948年、1961年在木杆已各开过一次花。木杆的筇竹占世界筇竹资源的四分之一以上，堪称“天下筇竹第一乡”。除了森林资源，木杆还有着丰富的煤、铁、硅、铅等矿藏，清朝年间就曾有人办过银厂、铜厂、铁厂、铅锌厂。
与丰富资源相对应的是频繁的自然灾害，木杆常会遇到雪冻灾、冷涝灾、风洪灾、冰雹灾等，在自然灾害中危害最大的莫过于地震灾。大关地处马（边）——（大）关地震带上，历史上发生过数次大地震，木杆或者接近震中，或者干脆就是震中。1844年发生8至9级大地震，震中在木杆海口；1917年发生6.8级大地震，震中从吉利铺黄荆坝延至木杆丁木；1974年发生7.1级大地震，震中在木杆与永善交界处。每次震后，由于山崩堵塞河道，都会形成海子，若干年后再由特大山洪冲开堵埂，泄去湖水，海子消失。