巴州区辖6个街道、14个镇、8个乡：
东城街道、西城街道、回风街道、宕梁街道、玉堂街道、江北街道等6个街道；大茅坪镇、清江镇、水宁寺镇、曾口镇、梁永镇、鼎山镇、大罗镇、化成镇、三江镇、枣林镇、平梁镇、光辉镇、天马山镇、凤溪镇等14个镇；大和乡、白庙乡等2个乡；63个社区、368个村。
地形地貌
巴州区属盆北低山区，地势北高南低。北及西北向南及西南倾斜。北部受大巴山构造影响，形成东北—西南走向，山脊标高一般在海拔900米左右，多窄谷陡坡。东部、东南部和西部，山脊标高一般500～700米，多构成台坎状低山和长梁高丘地貌，多中谷、窄谷。
中部、西南部地势开阔，为平缓坡台状丘陵地貌，多连绵起伏的陇岗状低山和长菱状、馒头状浅丘，海拔高度350～600米。全部山脉来源于大巴山西段与米仓山复合部分。其走向多由北而南，逶迤蜿蜒。