办原产地证是必须办的，可以在商检办，也可以在贸促会办。
但是因为海关最近新出台的关于“启用两岸海关电子信息交换系统，货物数据实时传输”的通知规定，自2014年6月2日起，原产地证书预录入系统（以下简称证书系统）证书系统正式运行。使用未与海关联网的原产地证书向海关申报的出口货物，出口人应当在申报前预先通过证书系统录入有关原产地证书电子信息，并按照相关规定要求填制出口报关单。
意思就是说，如果你的出口的商品，没有提前录入原产地证书的电子信息，需要在海关逗留重新制作数据，再重新报关。
个人建议你办理贸促会推出的zForm系统，zForm的eCO，可以自己打印原产地证书，重点是：eCO的电子原产地证书的电子信息能与海关联网，满足海关以上通知的规定。当然，你还可以授权出口商打印出原产地证证书，也可以配合进口商的EDI要求，将数据直接对接到买家的系统。