手册变更可分两种情况办理：
（1）如手册上的成品还未出口，只要企业提供的情况属实，可办理变更。
（2）如手册上的成品已经出口了一些，并与商品相关的，如品名、规格、价格等，则不能办理手册变更；如不与商品相关的，例如数量、备案口岸等，则可办理手册变更。
申请变更时应先向当地商务主管部门申请，通过审批后，向手册备案办理业务的现场海关提交以下材料：
①商务主管部门签发的有效《<加工贸易业务批准证>变更证明》；
②经营企业签订的加工贸易变更合同及海关核发的《加工贸易登记手册》；
③合同变更申请书；
④《加工合同备案申请表》、《进口料件备案申请表》、《加工出口成品备案表》、《单耗备案申请表》（填写变更部分）；
⑤经预录入的“企业加工合同备案呈报表”（变更部分）；
⑥为确定变更后的单耗和损耗率所需的资料；
⑦与变更手续相关的材料及情况说明（含变更原因）；
⑨海关认为需要提交的其他证明文件和材料。
另：由于税则变化导致手册上的商品编码需要变更，如办理变更手续，需企业持变更手册申请书（加盖单位公章）向当时办理手册的主管海关提交。