后港镇历史悠久，根据新石器时代古城址——城河遗址考古发掘实物分析，6000年前就有人类在后港这片土地上生息繁衍，并创造了灿烂的农耕文明。
战国时期楚国名相春申君黄歇成居于后港，据《荆门州志》记载：“当晴空时，西山烟岚缕缕如云，后有楚人祭祀台。”
公元前十二世纪，商朝分封武丁后裔于汉西建权国，取水（今竹陂河）而名，在马良筑权城。
公元前十一世纪，周王室封宗室于江汉间，建邦国（今十里铺）。
公元前1027－770年，荆门北部为鄀国，东部为权国，春秋时期，楚武王克权，迁权于那处（今拾回桥），设权县，荆门属为楚地。
公元前278年（秦昭襄王二十九年），白起伐楚，占领江汉间，在郢都（今荆州城）设南郡，荆门全境属之。
元文宗开历元年（1328年）长林县迁到沙洋西南藻湖，在今后港镇建元长林保盈仓。
民国三年（1914年），为第三区。
民国十七年到三十四年（1938年—1945年），被日军侵占。
民国三十七年（1948年）五月十九日，中国人民解放军解放后港，辖于沙洋市。
1960年为后港区，直辖于沙洋市。
1985年划归沙洋区。
1998年12月，沙洋撤区设县并入荆门市，后港降为县辖镇。