美国国家航空102号班机是架货运班机，由美国国家航空公司所营运，主要往返于在阿富汗的英国军事基地堡垒营以及在迪拜的阿勒马克图姆国际机场之间，并在阿富汗的美国巴格拉姆空军基地进行加油。2013年4月29日，一架执行此航班的波音747-400型货机，从巴格拉姆空军基地起飞后不久便坠毁，机上七名机组员全部罹难。
2011年7月28日，韩亚航空一架型号为波音747-400F的货机在从韩国首尔的仁川国际机场飞往中国上海浦东机场途中，在济州岛附近海域坠毁，造成两名飞行员丧生，原因被认定为机械故障。
2010年9月3日，美国联合包裹运输公司6号航班为波音747-400F型货机，从迪拜起飞后，驾驶舱出现烟雾，飞机不久后坠毁，机师与副机师死亡。这是747-400F首次坠机。
2008年7月25日，澳洲航空一架编号QF30，由伦敦出发、途经香港后飞往墨尔本的波音747-400客机，在香港往墨尔本的航段半途，机身下缘、前货舱外壳处突然在高空飞行状态下破了一个大洞，导致机舱气压骤降，飞机急坠6,000米，立即在菲律宾的马尼拉国际机场紧急降落。机上346名乘客都没受伤。
2001年1月31日，两架均隶属于日本航空的航机（一架是波音747-400D客机，另一架是麦道DC-10-40D客机）在静冈县烧津市骏河湾上空出现空中接近（Near miss）的危险情况。最终两航机避免了相撞，但造成其中一班航机（DC-10）上100人受伤。
2000年10月31日，新加坡航空006号班机为一架波音747-400型客机，因为大雨造成的能见度差，误闯了正在施工维修而暂停开放的台北中正国际机场05右跑道，撞上跑道上的施工机具。机上140名乘客和17名机组人员中，83人罹难。
1998年8月5日，大韩航空8702号班机为一架波音747-400型客机，在南韩金浦国际机场降落时因天气恶劣，全机冲出跑道旁草丛，机翼折断，25名乘客受伤。
1993年11月4日，中华航空605号班机为一架波音747-400型客机，在香港启德机场降落后未能及时刹停飞机，冲落海中。机上274名乘客及22名机组人员中，23名乘客受伤送院。该架747-400事后退役，成为第一架报废的747-400型客机。