平远明朝建县后，设4都2图，即义田都、义化都、长田都、石窟都，石窟一图、二图。明祟祯年间割石窟一图二图与镇平，仍有四都，后改划为15乡。民国26年 （1937）调整为13乡，全县划为160保，1758甲。民国30年 （1941），实行新县制，按《县各级组织纲要》规定，全县调整为142保，1676甲。 建国初，全县设7个区，3个市，56个行政村。1950年调整为4个区，2个镇，13个乡。1954年，划为4个区，71个小乡，2个镇。1956年撤区并乡，成立13个乡，1个镇，71个村。1958年政社合一，全县成立4个人民公社，1个镇。1961年与兴宁分县后，平远县调整为14个公社，3个农场，1个镇。70年代中期，划为16个公礼，1个镇。1983年11月，恢复区、乡建制，取消政社合一的队制。全县设14个区（差干、仁居、黄畲、八尺、中行、河头、上举、泗水、东石、坝头、大柘、石正、长田、热柘），1个区级镇（大柘镇），95个乡，3个城镇管理区，4个县属国营农林场。 1986年11月撤区建乡设镇。全县设立5个镇 （大柘、仁居、东石、石正、八尺），11个乡（差干、黄畲、河头、中行、上举、泗水、坝头、茅坪、超竹、长田、热柘），149个村，7个城镇居委会。1994年，11个乡改镇建制，全县设16个镇（大柘镇、差干镇、仁居镇、黄畲镇、八尺镇、中行镇、河头镇、上举镇、泗水镇、东石镇、茅坪镇、坝头镇、超竹镇、石正镇、长田镇、热柘镇）。2003年9月，撤销超竹镇、黄畲镇和茅坪镇的镇级行政区划建制。原超竹镇并入大柘镇，原黄畲镇并入仁居镇，原茅坪镇并入东石镇。2004年11月，撤销坝头镇的镇级行政区划将其并入大柘镇行政区划。行政区划调整后，全县设12个镇:即差干、仁居、八尺、河头、中行、上举、泗水、东石、大柘、石正、长田、热柘镇。
截至2005年12月31日，平远县辖大柘镇（含原超竹镇和坝头镇）、仁居镇（含原黄畲镇）、东石镇（含原茅坪镇）、石正镇、八尺镇、差干镇、上举镇、泗水镇、长田镇、热柘镇、中行镇、河头镇等12个镇，共有7个居委会、153个村委会，1439个村民小组。省级生态示范镇1个（长田镇），市级生态示范村8个。