对于运费含税怎么处理，可以参考一下这个例子：
假定企业是一般纳税人，取得运输发票是货物运输业增值税专用发票，结算方式为现金或银行存款，则根据业务内容不同，可能有下列情况或更多：1
、公司销售部门销售产品，支付运费：借：销售费用－运费应交税费－应交增值税－进项税贷：现金/银行存款
2、生产部门维修设备等发生运费：借：制造费用－运费应交税费－应交增值税－进项税贷：现金/银行存款
3、采购部门采购原材料，支付运费：进项税和销项税的区别就是销项税是应交增值税明细科目下的专栏。应交税金科目下设置应交增值税,未交增值税两个明细科目。而应交增值税明细科目下设置了进项税额和销项税额。增值税是对销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人就其实现的增值额征收的一个税种。进项税额是已经支付的钱，是企业买东西时记在采购总价中的增值税款，在编制会计账户的时候记在借方。增值税抵扣：应交的税费=销项税-进项税。
每个月企业拿所有的销项税额减去进项税，如果是正数就要向税务局交税，如果是零或者负数就不用交了。
一般纳税人外购货物所支付的运输费用，以及一般纳税人销售货物所支付的运输费用，根据运费结算单据(普通发票)所列运费金额依7%的扣除率计算抵扣进项税额准予扣除，但随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费不得计算扣除进项税额。要正确地理解和运用这一规定却非易事：凡是运费是否都可以抵扣、何时抵扣，哪些项目可以抵扣等等问题都需要仔细辨别。
承运人开出的运费发票上注明的劳务接受者与发票的持有人是同一人。这一点很重要，它证明发票上所列劳务的付费人或接受者是发票的持有人。